Kemotaxonómiai Botanikus Kertünk elrendezésének alapjául a növényekben termelődő kémiai anyagokat veszi figyelembe. Ez Magyarországon egyedülálló, de még világszerte is csupán néhány kemotaxonómiai alapú élőnövény-bemutatót ismerünk.
1980-ban jelent meg Rolf Dahlgren svéd botanikus új szempontú, a zárvatermő növényeket magába foglaló fejlődéstörténeti rendszere, amely a korábbi, alaktani-egyedfejlődési vonásokon alapuló rendszerezésekhez képest abban jelentett újdonságot, hogy jelentős figyelmet szentelt a növényekben előforduló másodlagos anyagok (pl. alkaloidok, fenoloidok, glikozidok, terpenoidok) jelen- vagy távollétének az egyes természetes csoportokban. Ezért nevezzük rendszerét kemotaxonómiai rendszernek.
A GYNKI bemutatókertje Tétényi Péter akkori igazgató terveinek megfelelően a Dahlgren rendszer diagramszerű ábrázolásának síkbeli megvalósítása, élő növények beültetésével. Ezzel a kemotaxonómia elgondolása és elmélete szemléletessé válhatott az érdeklődő gyógyszerész, biológus, agrár- és kertészmérnök hallgatók, de az érdeklődő laikusok számára is.
Kertünkben kb. 900 taxon (faj, alfaj, változat, fajta) él, ezzel a kisebb botanikus kertek közé tartozik. Gyűjtőköre az említett módon igen speciális, kiegészül a hazai védett gyógynövényflóra, a tradicionális Kárpát-medencei gyógynövény-fajták és a közeli Pilis-Visegrádi hegység jellemző gyógynövényeinek gyűjtésével és – ezzel párhuzamosan – megőrzésével.
A bemutatókertet egy üvegházi gyűjtemény egészíti ki (Hollandház), ahová a szabad földön be nem mutatható fajokat telepítettük, mint. a pompás papagájvirág (Strelitzia reginae), a fokföldi áloé (Aloe ferox Mill.), a tasmániai eukaliptusz (Eucalyptus globulus Labill.), a cserjés gyapot (Gossypium arboreum), a rozella (Hibiscus sabdariffa L.), a rozmaring (Rosmarinus officinalis L.), az articsóka (Cynara cardunculus L.), a szentjánoskenyérfa (Ceratonia siliqua). Ezek gyarapítását a megfelelő referenciagyűjtemény kialakítása miatt is fontosnak tartjuk. Ezen növények sorában több olyan faj található, amely a VIII. Magyar Gyógyszerkönyvben hivatalos drogforrásként van nyilvántartva, más fajok pedig helyi (etnobotanikai) jelentőségűek.
A kemotaxonómiai botanikus kertet 2003-ban védetté nyilvánították. A botanikus kert védetté nyilvánításának célja a botanikus kerti gyűjtemény kiemelkedő értékének, a Magyarországon egyedülálló és nemzetközileg is jelentős Dahlgren-féle kemotaxonómiai rendszerű növénygyűjtemény fenntartása és fejlesztése, a termesztett gyógynövények hatóanyag törzsállománya és génbank szerepének megőrzése, a Pilis kert tematikus növénygyűjtemény fenntartása és fejlesztése, a botanikus kert növénygyűjteményi szerepének megőrzése és fejlesztése a gyógynövény szakismereti oktatásban. A Kemotaxonómiai Botanikus Kert alapító tagja a Magyar Arborétumok és Botanikus Kertek Szövetségének.
A botanikus kert szakvezetéssel bárki számára látogatható, hétköznap 10:00 és 15:00 óra között, előzetes bejelentkezéssel. Időpont egyeztetés lehetséges a (26) 340-533/162 telefonszámon vagy a következő címen: latogato@gynki.hu